Arrets maladie 2026 : prescription plafonnee a 31 jours des le 1er septembre — ce que les PME doivent anticiper

1. Contexte : pourquoi cette reforme sur les arrets maladie ?

Jusqu'au 31 aout 2026, les medecins, sages-femmes et chirurgiens-dentistes pouvaient prescrire un arret de travail pour la duree qu'ils estimaient medicalement necessaire, sans aucune limite legale. Des recommandations indicatives existaient selon les pathologies, mais elles n'avaient aucun caractere contraignant.

Face a une hausse continue du nombre et de la duree des arrets maladie — qui pesent chaque annee plusieurs milliards d'euros sur les comptes de l'Assurance Maladie — le gouvernement a inscrit dans la loi de financement de la Securite sociale pour 2026 une reforme inedite : l'encadrement legal de la duree de prescription des arrets de travail. Le decret d'application a ete publie le 13 juin 2026, laissant aux professionnels de sante et aux employeurs jusqu'au 1er septembre pour s'adapter.

Cette reforme vise deux objectifs complementaires : mieux encadrer les prescriptions pour lutter contre les abus potentiels, et inciter a des points de contact medicaux reguliers, favorisant ainsi une meilleure prise en charge des salaries en arret prolonge.

2. Ce qui change concretement au 1er septembre 2026

Des durees maximales desormais fixees par decret

A compter du 1er septembre 2026, les regles suivantes s'imposent a tous les professionnels de sante habilites a prescrire des arrets de travail :

Les prolongations restent possibles sans limite de nombre. Ce qui change, c'est que chaque etape necessite une consultation medicale renouvelee : l'arret ne peut plus courir indefiniment sans reevaluation par le professionnel de sante.

3. Impacts pour les PME : gestion des absences et paie

Une multiplication previsible des renouvellements

Pour les salaries en arret de longue duree, la reforme entraine mecaniquement une multiplication des rendez-vous medicaux et des documents d'arret transmis a l'employeur et a la CPAM. La ou un arret de 3 mois se resumait autrefois a une seule prescription, il necessitera desormais au minimum 2 a 3 documents distincts (arret initial + prolongations).

Pour le service RH ou le gestionnaire de paie externalise, cela se traduit par une augmentation du nombre de volets d'arrets a traiter, a enregistrer dans le logiciel de paie et a declarer en DSN. Les PME qui gerent encore les absences sur tableur ou de facon manuelle devront imperativement securiser leurs process avant septembre.

Les obligations de l'employeur : inchangees mais plus frequentes

La reforme ne modifie pas les obligations de l'employeur envers le salarie, mais leur frequence augmente. Pour chaque arret ou prolongation, l'employeur doit continuer a : enregistrer les dates de debut et de fin d'arret pour le calcul du maintien de salaire conventionnel ; etablir l'attestation de salaire si la CPAM l'exige pour le calcul des indemnites journalieres ; declarer l'absence en DSN dans le bloc "Arret de travail" avec les bons codes motif ; verifier l'application des delais de carence selon la convention collective applicable.

4. Les implications en DSN : vigilance sur les declarations

La Declaration Sociale Nominative (DSN) est le canal obligatoire par lequel l'employeur signale les absences de ses salaries a l'Assurance Maladie et aux autres organismes. Avec la reforme, les gestionnaires de paie devront etre particulierement attentifs a plusieurs points.

Chaque prolongation d'arret genere un nouveau signalement d'evenement en DSN. Il faut veiller a ne pas creer de doublons ou d'incoherences de dates entre les declarations successives, sous peine de bloquer le versement des indemnites journalieres au salarie. Si un salarie reprend le travail quelques jours entre deux prescriptions, ce retour doit etre enregistre scrupuleusement pour eviter toute anomalie dans le suivi des droits.

Le service medical de la CPAM pourra etre amene a exercer des controles plus frequents sur les arrets prolonges, ce qui implique que les attestations de salaire transmises par l'employeur soient rigoureusement exactes et a jour.

5. Les exceptions medicales : ce que les PME doivent savoir

La loi prevoit des derogations explicites pour les situations medicales graves. Les salaries atteints d'affections de longue duree (ALD), en traitement lourd (chimiotherapie, intervention chirurgicale majeure...) ou dont l'etat de sante le justifie peuvent beneficier d'arrets initiaux ou de prolongations depassant les plafonds de 31 et 62 jours.

Dans ces cas, c'est le medecin qui porte la responsabilite de la justification medicale dans l'arret prescrit. L'employeur n'a pas a remettre en cause ces prescriptions derogatoires. En revanche, si le document recu ne mentionne pas de derogation et depasse les durees legales, cela pourrait indiquer une irregularite a signaler a la CPAM.

6. Anticiper des maintenant : le role cle de l'externalisation de la paie

La gestion des arrets maladie est l'une des taches RH les plus chronophages et les plus risquees pour les PME : delais de carence a respecter, maintiens de salaire a calculer selon les conventions collectives, declarations DSN a envoyer dans les temps, verification des attestations de salaire. Avec la multiplication des renouvellements imposee par la reforme, cette charge administrative va significativement augmenter a partir de septembre 2026.

Les PME de Toulouse et d'Occitanie qui externalisent leur paie aupres d'un prestataire specialise comme STRAT RH beneficient d'une gestion maitrisee de bout en bout : reception et enregistrement des arrets, calcul automatise des IJ et du maintien de salaire, declarations DSN conformes et dans les delais, et mise a jour permanente face aux evolutions reglementaires. Une externalisation qui prend tout son sens face a une reforme aussi operationnelle.